乳房脂肪移植术的禁忌症是比较罕见的，主要是对于非常瘦的患者，可供获取的脂肪储备很少。必须要有充分的脂肪堆积部位，才能获取足够可供移植的脂肪组织（这里脂肪移植的数量要比面部脂肪移植的数量要重要的多），要知道整个过程要经历两次的30％的规则，这就是说，我们在脂肪的离心制备过程中会损失大约30％获取到的脂肪组织，然后在脂肪移植术后的3个月中，由于脂肪的被吸收现象，还会有30％的被移植脂肪会损失掉。在某些情况下，禁忌证是相对的，可以采取不同部位的脂肪，但是采脂时间就会变得更复杂和更长久。只有经过在这个领域有经验的整形外科医生的一次深入的咨询，才能评估可供采取的脂肪量，并判断乳房脂肪塑型术的可行性。
一个无法保持体重稳定的患者，或者准备术后减肥的患者，也构成这个手术的临时禁忌症。应该在患者完全稳定了体重之后再做新的手术评估。
先前发生过脂肪细胞组织坏死的区域，是不利于移植脂肪存活的，也构成本手术的临时禁忌症。根据其严重程度，坏死组织区域可以自发吸收，或在按摩的作用下被吸收者，如果区域范围更大（几厘米），并且没有改善的趋势，那么在脂肪塑型术进行前，应先通过脂肪碎片疗法来改善其状况。类似地，任何影响到微循环状态的情况（如糖尿病和吸烟）都会使得移植的脂肪存活变得困难，在确定手术指征时必须考虑这些情况。
最后，在乳房内发生的任何怀疑癌变的变化、或任何病人不希望接受在这方面指定的放射科医生进行放射学检查的情况，都构成本手术的绝对禁忌症，这是为了避免手术不幸地与下列情况同时发生：乳腺癌形成、或在乳癌发生后进行乳房修复术时癌肿局部复发。